オリゴの取り扱い
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

製品の溶解、保存方法

オリゴヌクレオチドの取り扱い方法を以下に示します｡


�@ 配列の確認
　製品が到着したら、まず合成報告書の塩基配列を確認してください｡
　合成報告書の配列がご注文内容と異なるときは、ご連絡ください｡
　すぐに再合成し、製品をお送りします｡

�A製品の溶解方法
　製品は、通常、精製溶媒をエバポレータで飛ばし、乾固させて お届けしています。
　その乾燥過程で、最終製品がペレット状、フレーク状等多様な形態となることがあります。溶解してお使いください。
　オリゴは基本的には水溶性が高いのですが、配列組成によっては ボルテックス等による手順が必要なときがあります。
　標識のない通常のDNAは、滅菌した水 または TEバッファーに溶解してください｡
　合成報告書に明記した溶媒量で、エッペンドルフチューブ内の DNAを溶解すると、濃度 100 pmol /μL の DNA溶液を
　調製することができます｡
　蛍光標識のあるDNAは、酸性下で分解する恐れがあるので、滅菌したTEバッファーに溶解することをお勧めします｡
　RNAの溶解は、 RNAase-freeの水を使用してください。通常の実験室内では、RNAase混入の危険が避けられません。
　RNAの分解を極力抑えるために、水溶液の状態ではサンプルを氷中で取り扱ってください｡

�B製品の保存方法
　DNA溶液の -20℃での保存可能期間は、約1ヶ月です（再現性のある結果を期待する場合）｡
　また、DNA溶液の凍結、融解を繰り返すことは、極力避けてください｡
　DNAを繰り返し使用する場合は、溶解したDNAをエッペンドルフチューブに小分けにして、使用しないDNAは -70℃以下で
　保存してください｡数ヶ月間保存可能です｡
　さらに長期間保存する場合は、DNA溶液を小分けにし、乾燥してから -70℃以下で保存してください｡
　蛍光標識オリゴは、アルミホイルなどでチューブを包み、遮光して保存してください。

※沈殿がある場合
DNAを十分な量の溶媒で溶解しても、まれに沈殿がみえる場合があります｡
これは、合成、精製の過程で混入した成分（カラム精製品では　加圧送液しておりますが　カートリッジカラムのフィルターや
精製担体の一部がはがれることがあります）と思われます。このようなものは、最終製品検査で排除していますが、まれに　
残留することがあります。この沈殿物は、酵素反応には影響しません。遠心し上清を回収して，使用していただけるものと考えます。
念のため、260 nm の吸光測定で DNA量を再確認していただくよう、お願いします。
もし不都合がある場合は、お申し出ください。すぐに再合成し、製品をお送りします｡

---

オリゴの脱塩、濃縮、バッファーの交換
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

オリゴの脱塩、濃縮、バッファー交換には各種の方法があり、それぞれに回収率や処理条件で得失があります。
当社では状況に応じて、以下の方法を組み合わせて活用しております。特に、特殊修飾及び標識では この脱塩処理の適否が
結果に大きく影響します。
もしお困りのことがあれば 可能な限り対応させていただきますので ご相談ください。

逆相カートリッジカラム精製
当社のカラム精製品で使う逆相カートリッジは、目的オリゴのトリチル（DMTr)基の疎水性を利用して吸着、同時に脱塩も行っております。
トリチル基がないオリゴでも この逆相カラムを利用できる場合があります。

乾燥濃縮
バキュームコンセントレーター（遠心真空乾燥機）を用いて、溶液を蒸発させます。
特殊修飾では 加熱を嫌うものがあるので 加熱処理は避ける必要があります。気化しやすい溶媒の場合には有効です。
溶媒の種類によっては気化しにくい溶媒成分の一部が残る場合があります。凍結乾燥機を用いることもできます。

エタノール沈殿
酢酸ナトリウムとエタノールを用いて、オリゴを沈殿させます。
共沈剤を使えば　回収率を高めることができることがあります。
当社では、共沈剤として Quick-Precip(Edge BioSystems社）を使用しております。
９塩基以下の鎖長が短いオリゴは ほとんど沈殿しないので、この方法は使えません。
2'OMe-RNAだけからなるオリゴも 同じく沈殿しにくいので、この方法は使えません。
塩基配列によっては（たとえば polyA や polyC のような場合、沈殿しにくいので）、この方法は使えない場合があります。

クロロフォルム処理
オリゴ水溶液とクロロフォルムとを混合、撹拌して、オリゴが水層に分離することを利用して、数回繰り返して回収します。
特にタンパク質等の除去には有効となります。

透析処理
透析膜を利用して分子量分画して、一定以上の分子量を持つもののみを分子量の小さな塩等から分離精製します。
透析膜の分画分子量にいろいろな大きさがあるので、目的に応じて利用します。

薄層クロマトグラフィ
いろいろな性能のTLCがありますが、オリゴでは逆相系の TLCパネルによって、オリゴを展開分離します。
たとえば、ごく短いオリゴの脱塩濃縮には有効となります。

Affinity Column
Sephadex G-25 を用いて、Affinity精製が可能となります。　既製の NAP10 カラム、スピンカラム等もあります。
塩類がトラップされ、オリゴが溶出分離します。

---

オリゴDNAのアニーリング方法

１．オリゴDNAとその相補鎖を、適当な濃度になるように STE buffer (100 mM NaCl + TE buffer）に溶解します。
　　NaCl濃度が 100 mM の制限酵素用バッファーを利用してもよい。

２．チューブを沸騰したお湯に入れてから放置し、自然に室温まで冷却する。
　　（または、チューブをサーマルサイクラーに入れ、99℃から徐々に25℃まで冷却します。5分間で 5℃ずつを目安に
　　　冷却してください。）